코로나19로 대다수 항공사가 노선을 운휴함에 따라, 마닐라 국제공항 공사는 현재 운항하는 모든 항공사들의 출도착 비행 편들은 제 1터미널에 한해 운영한다.

필리핀관광부는 28일부터 마닐라 국제공항 공사는 대한항공, 제주항공 등을 포함한 13개 항공사의 경우, 마닐라 니노이 아키노 국제 공항 터미널 1에서 출도착 할 예정이라고 전했다.

필리핀 국적기인 필리핀 항공의 경우, 3월 25일 샌프란시스코 행 (편명: PR104)과, 로스앤젤레스 행 비행 편(편명: PR102)을 운행했고, 27일 마닐라 니노이 아키노 국제 공항 도착편을 마지막으로 모든 국제선을 운휴할 예정이다.

한편 에어 아시아, 에미레이트 항공 등 22개 국내 항공사 및 외항사는 필리핀 출도착 항공편을 한시적으로 중단한다. 신종 감염병 예방을 위한 범정부 태스크포스에서 항공을 통한 모든 국내 이동 금지를 결정한다. 마닐라 국제 공항 공사는 마닐라 니노이 아키노 제 2터미널, 3터미널과 4터미널 국내선 운항을 금지한다.

마닐라 국제 공항 공사는 커뮤니티 격리 기간 동안, 마닐라 니노이 아키노 공항의 제 1터미널에서만 이착륙이 가능하다는 점 또한 이미 전 세계의 조종사들에게 공지, 지속적으로 임시 항공편을 지원할 예정이라고 밝혔다. 

필리핀 관광부와 필리핀 외교부 간 협의에 따라, 임시 항공편과 교민 수송 전세기의 경우 니노이 아키노 공항 제 2터미널에 배정할 예정이다.